Etusivu > Tutkimus ja opetus > Biopankki > Biopankkitutkimukset


Biopankkitutkimukset

Polarisoidun valon sirontaan perustuvan uudenlaisen syöpädiagnostiikkamenetelmän kehitys / Polarization sensitive optical biopsy with diffusely reflected light

The primary overall goal of the current research is to establish a proof of concept of using the fundamental properties of light, namely its circular polarization, as an exciting new methodology for biotissue diagnostics including cancer detection at the earliest stage and for determining the special characteristics and conditions of tissues and cells. Specifically, we aim to determine whether our technology accurately and sensitively detects the pathological condition of a tissue, which could potentially reduce the need for histopathological processing of tissues, or the need for manual visualization of diseased tissues by microscopy.

Alexander Bykov, Oulu University Optoelectronics and Measurement Techniques Lab

 

Sepsiksen aiheuttamat histologiset aivomuutokset / Neuropathological changes in septic encephalopathy

Tutkimuksen tarkoituksena on kerätä lisätietoa sepsiksen aiheuttamista aivomuutoksista ja tulehdusreaktioista potilailla, joilla on ollut muu kuin keskushermostoinfektio. Kyseessä on retrospektiivinen, havainnoiva, lääketieteellisessä ruumiinavauksessa otettuihin kudosnäytteisiin ja hoitojaksojen aikana potilaasta kertyneeseen tietoon perustuva tutkimus.

Kristo Erikson, OYS anestesiaklinikka

 

Perinnölliset immuunipuutokset Suomessa – (FINPIDD) monikeskustutkimus / Hereditary immune deficiencies in Finland – (FINPIDD) multi-center study

Perinnölliset immuunipuutokset Suomessa –(FINNPIDD) monikeskustutkimus: FINNPIDD on kansallinen monikeskustutkimus, johon osallistuvat kaikki suomalaiset yliopistosairaalat.  Se kartoittaa suomalaisen tautiperimän uusia synnynnäisiä immuunipuutoksia (mm. AICDA) sekä etsii uusia perinnöllisiä immuunipuutoksia (mm. STAT3 GOF, DOCK2, HYOU1 NFKB1 –puutoksiin liittyvät uudet taudinkuvat) kliinisen taudinkuvan uuden sukupolven sekvenointimenetelmien, molekyylibiologisten ja immunologisten tutkimusmenetelmien avulla.

Mikko Seppänen, HUS Harvinaissairauksien yksikkö

 

Henoch-Schönleinin Purppura nefriitti lapsilla / Henoch-Schönlein Purpura nefritis in children

Henoch-Schönleinin purppura (HSP) on lasten yleisin vaskuliitti, johon sairastuu Suomessa vuosittain noin 200 lasta. Taudille tyypillisiä oireita ovat purppuramainen ihottuma, vatsa- ja nivelkivut sekä munuaisoireena veri- ja valkuaisvirtsaisuus. Yleensä HSP on hyväennusteinen tauti, mutta pitkäaikaisennuste on riippuvainen munuaisoireiden vaikeusasteesta. Pahimmillaan tauti voi johtaa munuaistoiminnan huononemiseen ja lopulta dialyysihoitoon ja munuaisensiirtoon. HSP:n munuaisoireisiin ei ole vakiintunutta hoitokäytäntöä. Hoitoon on käytetty lukuisia eri immunosupressiivisia lääkkeitä, mutta taudin harvinaisuudesta johtuen satunnaistettuja hoitotutkimuksia aiheesta on tehty vain vähän. Lisäksi huonon ennusteen potilaiden tunnistamiseen ei ole käytettävissä hyviä testejä. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää, mitkä tekijät voivat ennustaa potilaan pitkäaikaisselviytymistä mm. munuaisbiopsioiden valossa sekä selvittää HSP:n munuaistulehduksen hoidossa käytettyjen immunosupressiivisten lääkkeiden vaikutusta potilaiden pitkäaikaisennusteeseen. Pyrimme myös selvittämään tekijöitä, jotka altistavat HSP-munuaistulehdukselle. 

Matti Nuutinen, OYS lasten ja nuorten klinikka

 

Clamydia trachomatis: immuunivaste ja infertiliteetti / Chlamydia trachomatis: immune response and infertility

Chlamydia trachomatis –infektio on merkittävä sukupuolitauti länsimaissa ja tärkein yksittäinen lisääntymisterveyteen vaikuttava tekijä. Klamydiaspesifisten vasta-aineiden mittaamista pidetään yleisesti merkkinä sairastetusta infektiosta ja sitä sovelletaan infertiliteettipotilaiden diagnostiikassa ja hoidon valinnassa. Viimeaikaisten julkaisujen perusteella klamydiaspesifiset vasta-aineet säilyvät verenkierrossa kuitenkin aiemmin oletettua lyhyemmän ajan akuutin infektion jälkeen. Voidaksemme tarkemmin arvioida immunologisten markkereiden merkitystä infertiliteettipotilaiden diagnostiikassa, selvitämme sairastetun infektion jälkeen ilmaantuvien vasta-aineiden säilymistä ajan funktiona ja toisaalta toistuvien infektioiden vaikutusta vasta-aineiden esiintyvyydelle. 

Heljä-Marja Surcel, Pohjois-Suomen biopankki Borealis

 

Synnynnäisten sydänvikojen taustatekijät, diagnostiikka, hoito ja seulonta / Early pregnancy serum metabolomics and the risk of congenital heart disease in the offspring

Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, onko odottavan äidin ensimmäisen raskauskolmanneksen metabolomiikkaan liittyvillä seerumimarkkereilla yhteyttä synnynnäisen rakenteellisen sydänvian kehittymiseen.

Tiina Ojala, HUS Lastenklinikka

 

FinnGen

Katso tutkimushankkeen sivuilta: https://www.finngen.fi/fi/FinnGentutkimushankeviesuomalaisetl%C3%B6yt%C3%B6retkellegenomitietoon

 

Fibroottisen dysplasian kuvantamisdiagnostiikka ja histopatologiset tyyppipiirteet

Fibroottinen dysplasia on luuston kehityshäiriö, johon liittyy luumuutoksia, jotka saattavat herättää epäilyn pahanlaatuisesta luusairaudesta. Vaikeissa tautitapauksissa tautiin liittyy luiden epämuodostumia ja murtumia. Tautiin liittyvät kuvantamislöydökset ja taudinkulku on tieteellisessä kirjallisuudessa puutteellisesti raportoitu. Kirjallisuus koostuu lähinnä yhteen aikapisteeseen keskittyvistä yksittäisistä tapausselostuksista. Pyrimme selvittämään taudin tyypilliset kuvantamislöydökset ja sen pystytäänkö tauti erottelemaan pahanlaatuisista luumuutoksista kuvantamislöydösten perusteella vai tarvitaanko taudin diagnosoimiseksi invasiivinen luunäyte. Pyrimme saamaan myös toistettujen kuvausten perusteella käsityksen tyypillisestä taudin kulusta.

Anna-Reetta Kinnunen, KYS kuvantamiskeskus

 

The Finnish National Esophago-Gastric cancer Cohort (FINEGO)

FINEGO on kansallinen monikeskustutkimus, johon osallistuvat kaikki Suomen ruokatorvi- ja mahasyöpäkirurgian yksiköt. FINEGOssa tutkitaan leikattujen ruokatorvi- ja mahasyöpäpotilaiden leikkauksia, komplikaatioita, sairastavuutta ja ennustetta. FINEGOn tavoitteena on löytää keinoja vähentää näihin syöpäsairauksiin liittyviä komplikaatioita ja oheissairauksia, sekä parantaa syöpien ennustetta ja syövistä selviytymistä.

Joonas Kauppila, OYS

 

Uudet prognostiset keinot suunielusyövän hoitovasteen ennustamiseen

OYS-piirissä todetaan noin 100 pään ja kaulan syöpätapausta vuodessa, joista suunielusyöpien osuus on kasvava. Jotta potilaan hoitoresurssit voitaisiin optimoida, tarvittaisiin merkkiaine, jolla kasvaimen ennuste ja vaste etenkin sädehoidolla pystyttäisiin ennakoimaan jo koepalasta. Tällaiseen tarkoitukseen sopivaa merkkiainetta ei tällä hetkellä ole kliinisessä käytössä. Viimeaikaiset havaintomme syöpää aiheuttavan proteiini CIP2A:n ja kantasolutekijä Oct4:n merkityksestä pään ja kaulan syövissä ovat paljastaneet uusia mahdollisuuksia suunielusyöpäpotilaiden taudinkulun ennustamiseen ja hoitovasteen suunnittelemiseen. Tässä projektissa tutkimme rinnakkain Turussa ja Oulussa hoidettujen suunielusyöpäpotilaiden kasvainnäytteitä ja analysoimme yllämainittujen proteiinien ilmentymistasoja suhteessa potilaiden selviytymiseen, taudin uusiutumiseen ja annettuihin hoitoihin. Lopullisena tavoitteena on hoitovasteen ja ennusteen erottelukyvyn parantaminen lääketieteellisten potilaskokeiden suunnittelemiseksi.

Johannes Routila, Turun yliopisto, kliininen laitos

 

Immunologisten syöpähoitojen haitat terveissä kudoksissa

Immunologiset syöpähoidot valjastavat elimistön oman puolustusmekanismin syöpää vastaan. Nämä hoitomuodot mullistavat syöpien hoidot tulevaisuudessa. Niiden käyttöön liittyy kuitenkin vakavia, jopa kuolemaan johtavia sivuvaikutuksia, joiden syntymekanismia ei tunneta. Pyrimme selvittämään miksi nämä vasta-ainehoidot aiheuttavat steroideille, tai muille immunosuppressiivisille lääkkeille reagoimatonta sappitietuhoa. Testaamme hypoteesia, jonka mukaan onkoimmunologisten lääkkeiden aiheuttama sappitietuho (bile vanishing syndrome) on immuunivälitteinen. Kokonaisuudessaan tutkimus koostuu, solu- ja eläinmalleista, sekä potilasnäytteiden immunohistokemiallisista ja DNA-analyyseistä.

Katri Selander, OYS syöpätautien ja sädehoidon klinikka

 

Validation of the GED-C point-scoring system for earlier diagnosis of Gaucher disease

Gaucherin tauti (GD) on lysosomaalinen varastointihäiriö, joka johtuu glykoserebrosidaasi entsyymin toimintahäiriöstä. Tämän seurauksena elimistöön alkaa kertyä glykosylseramidaasia erityisesti pernan, luuytimen ja maksan retikuloendoteelisoluihin. Diagnoosin viivästyminen on tällä hetkellä suuri haaste ja saattaa johtaa hoitamattomilla potilailla kohde-elinvaurioihin.

Diagnosointia edistämään on perustettu kansainvälinen työryhmä The Gaucher Earlier Diagnosis Consensus (GED-C), joka on luonut kriteeristön kliinisistä parametreistä, joita diagnosoinnissa voidaan käyttää. Tutkimuksen tarkoituksena on validoida luodun kriteeristön käyttökelpoisuus pisteyttämällä jo aiemmin diagnosoituja GD-potilaita sekä määrittää lyso-GB1 markkerin käyttökelpoisuus formaliinifiksoiduista kudosnäytteistä.

Medaffcon Oy

 

Autoimmunisaatio pemfigoidissa

Pemfigoidi on yleisin ihon autoimmuunirakkulatauti, jota esiintyy eniten ikääntyvillä. Sen oireita ovat suuret rakkulat sekä laaja-alainen, sietämätön kutina. Pemfigoidi on pitkäkestoinen ja siihen liittyy huomattava kuolleisuus. Pemfigoidin syynä ovat tulehdusta aiheuttavat vasta-aineet, jotka tuhoavat ihon kerroksia toisiinsa sitovia rakenteita.

Pemfigoidipotilaiden määrä on lisääntynyt viime vuosina useissa maissa, myös Suomessa. Olemme osoittaneet hyödyntämällä suomalaisten potilasrekisterien tietoja, että neurologiset sairaudet, erityisesti multippeliskleroosi ja eri dementiat lisäävät pemfigoidin riskiä. Ymmärtääksemme mekanismeja jotka aiheuttavat neurologisiin sairauksiin liittyvää lisääntynyttä riskiä sairastua pemfigoidiin tutkimme pemfigoidivasta-aineiden esiintymistä multippeliskleroosia ja dementiaa sairastavilta potilailta.

Kaisa Tasanen-Määttä, Oulun yliopisto

 

Beta trial of MSI (microsatellite instability) assay

Tutkimuksessa kokeillaan OYS:n näyteaineistolla juuri markkinoille tullutta testiä, jolla voidaan osoittaa perimältään herkästi muuntautuvia syöpätapauksia. Menetelmä nopeuttaisi huomattavasti näiden syöpätapausten seulontaa ja sitä kautta diagnostiikkaa ja hoitoja.

Timo Väisänen, PPSHP Patologia

 

Porokarsinooma

Tutkimme porokarsinoomien ja Merkelin solu polyomaviruksen kopiomäärän ja osuuden. Hyödynnämme ryhmämme kokemusta ja osaamista myös tämän mahdollisesti virusalkuisen syövän tutkimuksessa. Tavoitteemme on varmentaa Merkelin solu syöpä kasvaimissa tekemiämme havaintoja viruksen vaikutuksesta syövän syntyyn vertailemalla näiden kahden syövän tuloksia.

Virve Koljonen, Helsingin yliopisto

 

Storage and preservation challenges in biobanking

Tämä tutkimus selventää näytekäsittelyn vaikutuksia biologisista näytteistä saatavien tulosten luotettavuuteen, mukaan lukien keräystavan, säilytysajan ja -lämpötilan vaikutukset verinäytteistä tehtävään MMP8-proteiinin tasojen ja metaboliittien määritykseen ja yleiseen proteiinien hajoamiseen. Tutkimuksesta saatavat tulokset tulevat auttamaan arvioitaessa vaihtelevia ja osin ristiriitaisia tuloksia, joita on saatu aiemmista veren MMP8-tasoihin liittyvistä tutkimuksista, sekä käsiteltäessä yleisiä biopankkien laadunvalvontaan liittyviä ongelmia.

Krista Juurikka, Oulun yliopisto

 

T1-äänihuulisyövän ennuste ja uusiutumista ennustavat markkerit

Kurkunpääsyövässä ei ole tunnistettu sellaisia kliiniseen työhön soveltuvia kudosmarkkereita, joiden perusteella taudin ennustetta voitaisiin arvioida diagnoosihetkellä. Vaikka varhain todetun äänihuulisyövän ennuste on hyvä, osalla potilaista tauti uusii jo varhaisessa vaiheessa ja lähettää etäpesäkkeitä. Äänihuulisyövän hoidolla (sädehoito tai kirurgia) ei ole vaikutusta ennusteeseen. Tutkimuksemme tavoitteena on selvittää tekijöitä, jotka altistavat T1-äänihuulisyövän uusiutumiselle, jotta seuranta voidaan paremmin kohdentaa sitä tarvitseville.

Pihla Pakkanen, HUS

 

Kielisyöpä ja kaulan imusolmukkeiden etäpesäkkeet

Etäpesäkkeet ja niiden hoito aiheuttavat suurimman osan syöpäpotilaiden kuolemista. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on selvittää imusolmuke-etäpesäkkeiden molekyylibiologisia tapahtumia, jotka ovat tällä hetkellä suurelta osin tuntemattomia. Tutkimuskohteena on aggressiivisesti imusolmukkeisiin leviävä suusyöpä. Ihmisen kasvain- ja etäpesäkenäytteitä tutkitaan proteomiikan ja bioinformatiikan sovelluksilla. Lisäksi käytämme immunohistokemiallisia menetelmiä ja in situ tekniikkaa. Tutkimalla etäpesäkkeitä on mahdollista saada tietoa niistä erityispiirteistä, joita etäpesäkkeen muodostavilla soluilla on verrattuna primaarikasvaimeen ja mahdollisesti tunnistaa tekijöitä, joiden muuttunut ilmentyminen etäpesäkkeessä ennustaa potilaan selviytymistä sairaudesta. Tulosten toivotaan edistävän yksilöllisten hoitomuotojen kehittämistä sekä tunnistavan tekijöitä, jotka voisivat olla tulevaisuudessa lääkekehityksen kohteena, jolloin hoidot tehoaisivat erityisesti etäpesäkkeisiin estäen niiden kasvua ja leviämistä.

Pirjo Åström, Oulun yliopisto

 

Uudet immunohistokemialliset hyperaldosteronismin diagnostiset mahdollisuudet

Hyperaldosteronismia on perinteisesti hoidettu toispuoleisella lisämunuaisen poistoleikkauksella, jos lisämunaisten kuvauksessa on nähty puoliero. Tämä tutkimus tarkentaa hyperaldosteronismin diagnostiikkaa, jotta lisämunuaisen poistoleikkaukseen voidaan entistä paremmin valikoida leikkauksesta hyötyvät potilaat.

Niina Matikainen, HUS

 

Ennenaikainen ikääntyminen lapsuusiällä hoidetun aivokasvaimen jälkeen

Lapsuusiällä syövästä selviytyneillä on kohonnut rıski sairastua kroonisiin sairauksiin nuorella aikuisiällä. Tällaisia sairauksia ovat esimerkiksi sydän- ja verisuonisairaudet, diabetes, toinen syöpä ja aivoverenkierron häiriöt. Riski on erityisen suuri henkilöillä, jotka ovat saaneet sädehoitoa ja solunsalpaajahoitoa nuorella iällä. Ennenaikainen sairastuminen kroonisiin sairauksiin viittaa elimistön ennenaikaiseen vanhenemiseen. Vanheneminen aiheuttaa elimiston solujen perintöainekseen muutoksia, joiden perusteella voidaan arvioida ihmisen biologinen ikä.

Tässä tutkimuksessa tutkitaan elimistön solujen biologinen ikä lapsuudessa aivokasvaimen sairastaneilla sädehoidon saaneilla henkilöillä, joita verrataan kaltaistettuihin biobankki Borealiksen verrokkeihin. Tutkimus antaa tietoa syövän sairastaneilla ikääntymisen mekanismeista, joiden perusteella voidaan kehittää hoitoja, joilla pyritään ehkäisemään ennenaikaista ikääntymistä ja kroonisia sairauksia.

Riitta Niinimäki, OYS

 

Sexually transmitted infections and ovarian cancer risk: A prospective study in the Finnish Maternity Cohort 

Sukupuolitauteja (STI) aiheuttavien mikrobien (Chlamydia, Herpes-2, HPV tai M.genitalium) yhteys munasarjasyöpään näyttää kirjallisuuden mukaan mahdolliselta, mutta näyttö on toistaiseksi osin ristiriitaista ja puutteellista. Mikäli STI tautien yhteys munasarjasyöpään voidaan tässä tutkimuksessa vahvistaa, voidaan tietoa hyödyntää kehitettäessä munasarjasyövän ehkäisyyn tähtääviä toimenpiteitä.

Renée Turzanski Fortner, German Cancer Research Center (DKFZ)

 

Haiman neuroendokriinisten kasvainten merkkiainetutkimus

Noin 1-2% kaikista haiman kasvaimista on neuroendokriinisia kasvaimia. Näitä esiintyy sekä yksittäisinä kasvaimina, että osana perinnöllistä syndroomaa. Paikalliset neuroendokriiniset kasvaimet hoidetaan kirurgisesti, pienemmät ns. enukleaatiolla, laajemmat tai potentiaalisesti leviävät hoidetaan riskialttiimmalla haiman osapoistolla. Kasvaimet jaotellaan ns. toimiviin ja toimimattomiin sen perusteella erittävätkö ne oireita aiheuttavia hormoneja. Ennuste ja metastasointipotentiaali riippuvat tuumorin graduksesta (WHO 2010 luokitus) mutta osa hyvänlaatuisina pidetyistä kasvaimista lähettää kuitenkin yllättäen imusolmukemetastaaseja. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on kartoittaa v 1990 lähtien OYS:ssa leikattujen potilaiden kasvainkudosnäytteiden avulla ennusteellisia tekijöitä kasvainten diagnostiikkaa ja hoidonsuunnittelua varten, toimivat ja toimimattomat kasvaimet analysoidaan erikseen.

Minna Nortunen, PPSHP

 

Biopankkipotilaiden nivelreumadiagnoosien validaatiotutkimus

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää kuinka hyvin biopankkipotilaiden hoitoilmoitusrekisteriin (HILMO) kirjatut nivelreumadiagnoosit vastaavat potilastietojärjestelmästä löytyviä kliinisiä tietoja. Henkilöiltä, joille ei ole kirjattu nivelreumadiagnoosia (M05 tai M06) HILMO:oon, selvitetään sairaskertomustiedon perusteella, onko nivelreumadiagnoosi jäänyt jostain syystä huomaamatta tai kirjaamatta. Tutkimuksella saadaan arvioitua miten luotettavana HILMO:oon kirjattuja nivelreumadiagnooseja voidaan pitää, ja mikä on luotettavin tapa poimia nivelreumaa sairastavat potilaat jatkossa muihin rekisteritutkimuksiin.

Johanna Huhtakangas, PPSHP

 

Ihopsoriaasidiagnoosin paikkaansapitävyys suomalaisessa rekisteriaineistossa 

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää suomalaisiin terveydenhuollon rekistereihin kirjatun ihopsoriaasin diagnoosin paikkaansapitävyys. Tutkimus tehdään OYS:issa  ja TYKSissä. Potilaat valitaan otokseen biopankkipotilaiden joukosta sillä perusteella, että heillä on osallistuvassa sairaalassa hoitotapahtumadiagnoosina kohortin mukainen ihopsoriaasin diagnoosi. Otoskoko tutkimuksessa on kummassakin osallistuvassa biopankissa kussakin 100 tutkittavaa, joilla on merkintä ihopsoriaasista, ja 100 ikä- ja sukupuolivakioitua verrokkia. Koska osallistuvia sairaaloita on kaksi, kokonaisotos on 200 tutkittavaa ja 200 verrokkia. Verrokkiryhmä muodostetaan biopankkipotilaista, joilla ei ole kirjattuna ihopsoriaasin diagnoosia vaan heillä on aikuistyypin diabeteksen diagnoosi (E11). Verrokkiryhmästä on tarkoituksena tutkia, onko sairaskertomuksessa viitteitä siitä, että potilaalla olisi kyseinen sairaus (L40.0) ilman että sitä olisi kirjattu asianmukaisella diagnoosikoodilla.

Laura Huilaja, Oulun yliopisto

 

Storage and preservation challenges in biobanking

Tämä tutkimus selventää näytekäsittelyn vaikutuksia biologisista näytteistä saatavien tulosten luotettavuuteen, mukaan lukien keräystavan, säilytysajan ja -lämpötilan vaikutukset verinäytteistä tehtävään MMP8-proteiinin tasojen ja metaboliittien määritykseen ja yleiseen proteiinien hajoamiseen. Tutkimuksesta saatavat tulokset tulevat auttamaan arvioitaessa vaihtelevia ja osin ristiriitaisia tuloksia, joita on saatu aiemmista veren MMP8-tasoihin liittyvistä tutkimuksista, sekä käsiteltäessä yleisiä biopankkien laadunvalvontaan liittyviä ongelmia.

Krista Juurikka, Oulun yliopisto